公元2633年，随着科学技术的进步,地球逐渐变为自然与科学协调发展的和平世界。可是在其背后，一个巨大的阴谋正在威胁着地球，这就是外星人的人类灭亡计划。海军战队的上等兵比尔和兰斯收到消灭异星侵略者的任务。魂斗罗2人组奉命向异星侵略者的要塞珈卢伽群岛内部出发。
丛林作战。前半部分过桥时会引发爆炸，作战中要小心不要掉下峡谷，BOSS是一座要塞，击破后过关。
基地内部的3D关卡。破坏每个小关的核心就能将敌人全灭，触电后的一定时间内将无法动作，要千万小心。
纵向卷轴的瀑布关卡。战斗中要小心不断掉落的岩石，瀑布顶端是BOSS魔神像。攻略要领是先破坏掉两个触手，再攻击头部。
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