魔卡幻想中战斗开始后，玩家和对手互相行动，一个回合中一方行动，下一个回合则换对方行动。一个回合中的行动大致分为三个阶段：摸牌阶段、配置阶段、战斗阶段。
【牌堆】
战斗开始后，双方卡组中所有的卡牌都在各自的牌堆中，每次当自己的回合开始时，会从牌堆中随机抽取一张牌进入准备区。
【准备区】
准备区也被称为手牌区，玩家可以看到准备区中卡牌，在准备区中的卡牌会有一个等待上场时间，每个回合等待时间减1，当等待时间为0时，可以进入战场。
手牌区最多同时拥有5张手牌 手牌已满不会抽取新卡牌
【战场】
战场是卡牌交战的区域，只有在战场上的卡牌，才能在自己回合的战斗阶段发动技能和物理攻击。物理攻击是对自己正前方发动的，如果正前方有对方卡牌，则对其造成伤害，否则就对对方英雄造成伤害。
【场上卡牌排序】符文发动阶段如有卡牌进入墓地会重新排序 而进入卡牌的战斗阶段后卡牌不会因进入墓地重新排序。
【墓地】
战斗中，战场上生命值为零的卡牌进入墓地。
经由特殊技能也会直接进入墓地 比如 传送 摧毁 献祭。
【摸牌阶段】
在一个回合的摸牌阶段，会从牌堆中随机抽取一张牌进入准备区。
【配置阶段】
在配置阶段，等待时间为0的卡牌可以被放置入战场。
【战斗阶段】
在战斗阶段，首先会发动符文技能（如果符合发动条件），在战场上的卡牌会依次发动技能和物理攻击。
【手动战斗和自动战斗】
战斗分为两种模式，手动战斗和自动战斗，手动战斗模式下，玩家可以在配置阶段手动选择等待时间为0的卡牌按照自己需要的顺序放入战场，也可以不将其放入战场，直接点击配置结束按钮，结束配置阶段；自动战斗模式下，等待时间为0的卡牌会自动在配置阶段按顺序进入战场。关卡、迷宫和自由切磋的战斗玩家默认选择为手动战斗，在其他战斗（如排名战）默认选择为自动战斗。手动战斗中，玩家可以切换到自动战斗模式，但自动模式不可切换为手动战斗模式。
【英雄生命值】
每个英雄有生命值，玩家英雄的生命值随着等级上升而提升，战斗中如果英雄生命值为0，则战斗失败。
【胜负规则】
如果使对方的所有卡牌都进入墓地或者英雄生命值为0时，就判为战斗胜利。
无论任何时候，一方的生命值归零时直接判负。举个极端的例子 我方英雄剩余100生命 对方牌堆无牌 场上只有 幽灵巨鲸 我方场上卡牌将幽灵巨鲸HP打到0 幽灵巨鲸发动死契 诅咒 降低我方英雄150生命 这时候直接判断我方失败；但如果我方是猛犸正面击中幽灵巨鲸 直接穿刺使对方英雄生命减至0 则我方直接获胜。